Valtioneuvosto nimittää kolmeksi vuodeksi kerrallaan patentti- ja rekisterihallitukselle johtokunnan, johon kuuluu puheenjohtaja ja varapuheenjohtaja sekä vähintään kolme ja enintään viisi jäsentä. Johtokunnan jäsenistä yksi edustaa työ- ja elinkeinoministeriötä. Johtokunnan jäseneksi ei voida valita henkilöä, joka on palvelussuhteessa virastoon. Patentti- ja rekisterihallituksen henkilöstö valitsee keskuudestaan edustajan, jolla on läsnäolo- ja puheoikeus johtokunnan kokouksissa lukuun ottamatta nimitysasioita.

Johtokunta ratkaisee asiat pääjohtajan esittelystä. Pääjohtajan ollessa estynyt asian esittelee pääjohtajan sijainen.

Työ- ja elinkeinoministeriö vahvistaa johtokunnan jäsenten palkkiot.