Lainajyvästö ja siemenrahasto voidaan lakkauttaa maa- ja metsätalousministeriön luvalla. Lakkauttamista koskeva hakemus jätetään aluehallintovirastolle, joka toimittaa sen ja oman lausuntonsa asiasta maa- ja metsätalousministeriölle.

Maa- ja metsätalousministeriön on lainajyvästön tai siemenrahaston lakkauttamisesta päättäessään määrättävä, millä tavalla laitoksen varat on käytettävä. Varat on määrättävä käytettäväksi maatalouden edistämiseksi laitoksen toimialueella, eikä niitä saa jakaa perustajille tai heidän oikeudenomistajilleen.