Tutkimuskeskuksen hallitukseen kuuluu vähintään viisi ja enintään seitsemän jäsentä, jotka valtioneuvosto nimittää kolmeksi vuodeksi kerrallaan. Valtioneuvosto nimittää hallitukselle puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan. Hallituksen jäsenistä yksi edustaa työ- ja elinkeinoministeriötä. Hallituksen jäseneksi ei voida valita henkilöä, joka on palvelussuhteessa tutkimuskeskukseen. Tutkimuskeskuksen henkilöstö valitsee keskuudestaan edustajan, jolla on läsnäolo- ja puheoikeus hallituksen kokouksissa lukuun ottamatta nimitysasioita.

Hallitus ratkaisee asiat esittelystä. Pääjohtaja esittelee hallituksen ratkaistavaksi kuuluvat asiat. Pääjohtajan ollessa estynyt asian esittelee pääjohtajan sijainen tai joku hallituksen jäsenistä.

Työ- ja elinkeinoministeriö vahvistaa hallituksen jäsenten palkkiot.