Johtokuntaan kuuluu enintään kahdeksan jäsentä, joista yksi on Patentti- ja rekisterihallituksen pääjohtaja ja yksi viraston henkilöstön edustaja. Valtioneuvosto määrää johtokunnan jäsenten keskuudesta johtokunnan puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan.