Johtokunnassa on pysyvinä asiantuntijoina kolme maaseutuelinkeinojen rahoituslain (329/1999) mukaisia lainoja myöntävien luottolaitosten edustajaa sekä enintään kolme maa- ja metsätalousministeriön, Maaseutuviraston tai työvoima- ja elinkeinokeskusten maaseutuosastojen virkamiestä.

Johtokunta valitsee yhden tai useamman sihteerin, joiden tulee olla maa- ja metsätalousministeriön tai Maaseutuviraston virkamiehiä.