Maahanmuuttoviraston toimintaa johtaa, valvoo ja kehittää ylijohtaja. Ylijohtaja vastaa toiminnan tuloksellisuudesta ja tavoitteiden saavuttamisesta sekä raportoi näistä sisäasiainministeriölle.

Ylijohtaja vahvistaa Maahanmuuttoviraston työjärjestyksen. Työjärjestyksessä määrätään tulosyksiköistä sekä asioiden käsittelystä ja ratkaisemisesta.

Ylijohtaja ratkaisee Maahanmuuttovirastolle kuuluvat asiat. Muut virkamiehet ratkaisevat asioita sen mukaan kuin työjärjestyksessä määrätään.

Ylijohtaja voi ottaa yksittäistapauksessa ratkaistavakseen asian, joka muutoin olisi muun virkamiehen ratkaistava. Vahvistetusta työjärjestyksestä huolimatta jokainen on velvollinen suorittamaan ne tehtävät, jotka ylijohtaja hänelle antaa.