Tutkimuskeskuksen toimintaorganisaatio muodostuu pääjohtajasta, ylijohtajasta, hallintojohtajasta, tieteellisestä johtajasta ja toimialajohtajista koostuvasta johtoryhmästä sekä organisaatioyksiköistä.

Tutkimuskeskuksessa on pääjohtaja, ylijohtaja, hallintojohtaja, tieteellinen johtaja, toimialajohtajia, tutkimusjohtajia, teknologiajohtajia ja tutkimusprofessoreita sekä muuta virkasuhteista ja työsopimussuhteista henkilöstöä.

Pääjohtajalla, ylijohtajalla, tieteellisellä johtajalla, tieteellisen toimialan toimialajohtajalla, tutkimusjohtajalla ja teknologiajohtajalla on professorin arvonimi.

Lisäksi virkaan vaaditaan pääjohtajalta, ylijohtajalta, hallintojohtajalta, tieteelliseltä johtajalta, toimialajohtajalta, tutkimusjohtajalta, teknologiajohtajalta ja tutkimusprofessorilta ylempi korkeakoulututkinto, hyvää perehtyneisyyttä viran tehtäväalaan sekä käytännössä osoitettua johtamistaitoa. Pääjohtajan virkaan vaaditaan lisäksi hyvää perehtyneisyyttä teknisen alan tutkimukseen ja johtamiskokemusta.

Arvioitaessa pääjohtajan, ylijohtajan, tieteellisen johtajan, tieteellisen toimialan toimialajohtajan, tutkimusjohtajan, teknologiajohtajan ja tutkimusprofessorin viran menestyksellisen hoitamisen edellyttämää taitoa ja kykyä otetaan huomioon ansioituminen tutkimustyössä ja sen johtamisessa sekä käytännön perehtyminen viran edustamaan alaan.

Ylijohtajan, hallintojohtajan, tieteellisen johtajan, toimialajohtajan, tutkimusjohtajan, teknologiajohtajan ja tutkimusprofessorin nimittää tutkimuskeskuksen hallitus pääjohtajan esityksestä.

Pääjohtajan sijaisena toimivat hallituksen määräämät johtoryhmän jäsenet.