Työterveyslaitokselle suoritetaan valtion talousarvion rajoissa valtion varoista laskennallisin perustein määrärahaa niihin kustannuksiin, jotka aiheutuvat yliopiston hyväksymän koulutusohjelman mukaisesta työterveyshuollon erikoislääkärikoulutuksesta.

Koulutustoiminnan kustannuksiin suoritettavan määrärahan suuruus perustuu tutkintojen lukumäärään, joka lasketaan kolmen edellisen vuoden tutkintojen lukumäärän keskiarvon mukaisesti, sekä tutkintokohtaiseen korvaukseen, jonka suuruudesta säädetään sosiaali- ja terveysministeriön asetuksella.

Työterveyslaitos voi maksaa määrärahasta korvausta yliopistoille, yksityisestä terveydenhuollosta annetun lain (152/1990) 2 §:ssä tarkoitetuille palvelujen tuottajille ( yksityiset terveyspalvelujen tuottajat ) ja työterveyshuoltolain (1383/2001) 7 §:n 2 kohdassa tarkoitetuille palvelujen tuottajille ( työnantajan ylläpitämät terveysasemat ) niiden antaman työterveyshuollon erikoislääkärikoulutuksen kustannuksista. Lisäksi työterveyslaitos voi käyttää määrärahaa työterveyslaitoksen itse antaman työterveyshuollon erikoislääkärikoulutuksen kustannuksiin.

Määrärahan kohdentamisesta työterveyshuollon erikoislääkärikoulutusta antaville yliopistoille, työterveyslaitokselle, yksityisille terveyspalvelujen tuottajille ja työnantajan ylläpitämille työterveysasemille sekä niistä perusteista ja menettelytavoista, joilla korvausten suorittamisesta yksityisille terveyspalvelujen tuottajille ja työnantajan ylläpitämille työterveysasemille päätetään, säädetään sosiaali- ja terveysministeriön asetuksella.

Yliopiston käyttäessä työterveyshuollon erikoislääkärikoulutukseen yksityistä terveyspalvelujen tuottajaa tai työnantajan ylläpitämää työterveysasemaa työterveyslaitos voi maksaa 3 a §:ssä tarkoitetusta määrärahasta korvausta yksityiselle terveyspalvelujen tuottajalle ja työnantajan ylläpitämälle työterveysasemalle puolivuosittain koulutuksen antajan hakemuksesta. Sosiaali- ja terveysministeriön asetuksella säädetään tarkemmin hakemusmenettelystä.

Jos yksityinen terveyspalvelujen tuottaja on oikeutettu saamaan antamastaan työterveyshuollon erikoislääkärikoulutuksesta korvausta erikoissairaanhoitolain (1062/1989) perusteella, ei tällaiselle yksityiselle terveyspalvelujen tuottajalle makseta korvausta tämän lain perusteella.

Yliopistojen, yksityisten terveyspalvelujen tuottajien sekä työnantajien ylläpitämien työterveysasemien on annettava vuosittain työterveyslaitokselle selvitys 3 a §:n 3 momentin nojalla saamansa korvauksen käytöstä. Työterveyslaitoksen tulee antaa vuosittain sosiaali- ja terveysministeriölle selvitys 3 a §:n nojalla saamansa määrärahan käytöstä, 3 a §:n nojalla työterveyslaitoksen omaan toimintaan ohjattujen varojen käytöstä ja työterveyshuollon erikoislääkärikoulutuksesta sekä yhteenveto yliopistojen, yksityisten terveyspalvelujen tuottajien ja työnantajien ylläpitämien työterveysasemien saamien korvausten käytöstä. Sosiaali- ja terveysministeriön asetuksella säädetään tarkemmin selvitysten antamiseen liittyvästä menettelystä.