Maanmittauslaitoksen päällikkönä on pää-johtaja, joka ratkaisee maanmittauslaitokselle kuuluvat asiat. Ratkaisuvallan siirtämisestä maanmittauslaitoksen muille virkamiehille säädetään valtioneuvoston asetuksella sekä määrätään tarkemmin maanmittauslaitoksen ja sen toimintayksiköiden työjärjestyksissä tai niiden muissa määräyksissä. Pääjohtaja kuitenkin päättää maanmittauslaitoksen oikeussäännön antamisesta ja ratkaisee asiat, joissa keskushallinto on valitusviranomaisena.

Pääjohtajan sijaisen määrää maa- ja metsätalousministeriö.