Tutkimuskeskuksen toimintaorganisaatio muodostuu pääjohtajasta, ylijohtajasta, hallintojohtajasta ja toimialajohtajista koostuvasta johtoryhmästä sekä tutkimus- ja muista tulosyksiköistä, joista määrätään työjärjestyksessä.

Tutkimuskeskuksessa on pääjohtaja, ylijohtaja, hallintojohtaja, toimialajohtajia, tutkimusjohtajia ja tutkimusprofessoreita sekä muuta virkasuhteista ja työsopimussuhteista henkilöstöä.

Pääjohtajalla, ylijohtajalla, toimialajohtajalla ja tutkimusjohtajalla on professorin arvonimi.

Lisäksi virkaan vaaditaan pääjohtajalta, ylijohtajalta, hallintojohtajalta, toimialajohtajalta, tutkimusjohtajalta ja tutkimusprofessorilta ylempi korkeakoulututkinto, hyvää perehtyneisyyttä viran tehtäväalaan sekä käytännössä osoitettua johtamistaitoa. Pääjohtajan virkaan vaaditaan lisäksi hyvää perehtyneisyyttä teknisen alan tutkimukseen ja johtamiskokemusta.

Arvioitaessa pääjohtajan, ylijohtajan, toimialajohtajan, tutkimusjohtajan ja tutkimusprofessorin viran menestyksellisen hoitamisen edellyttämää taitoa ja kykyä otetaan huomioon ansioituminen tutkimustyössä ja sen johtamisessa sekä käytännöllinen perehtyminen viran edustamaan alaan.

Ylijohtajan, hallintojohtajan, toimialajohtajan, tutkimusjohtajan ja tutkimusprofessorin nimittää tutkimuskeskuksen hallitus pääjohtajan esityksestä.