Liikenneministeriö asettaa johtokunnan kolmeksi vuodeksi kerrallaan. Johtokuntaan kuuluu enintään seitsemän jäsentä, joista yksi edustaa laitoksen henkilöstöä. Liikenneministeriö määrää yhden jäsenistä puheenjohtajaksi ja yhden varapuheenjohtajaksi.