Rajavartiolaitoksen ylin johto ja valvonta kuuluu sille ministeriölle, jonka toimialaan rajavartiolaitos valtioneuvoston ohjesäännön (1522/95) mukaan kuuluu.

Rajavartiolaitoksessa on rajavartiolaitoksen päällikkö, rajavartiolaitoksen esikunta, rajavartiostoja, merivartiostoja, kouluja ja muita yksiköitä.

Rajavartiolaitoksen esikunta on samalla 1 momentissa tarkoitetun ministeriön osasto.

Rajavartiolaitoksessa voi olla upseerin, opistoupseerin, erikoisupseerin, merivartijan ja rajavartijan sotilasvirkoja.

Rajavartiolaitoksen sotilaalliset nimitysasiat esittelee tasavallan presidentille ministeri, jonka toimialaan valtioneuvoston ohjesäännön mukaan kuuluu rajavartiolaitosta koskevien asioiden käsittely.

Asevelvollisia voidaan määrätä koulutettaviksi rajavartiolaitoksessa. Sama koskee naisten vapaaehtoisesta asepalveluksesta annetussa laissa (194/95) tarkoitettuun asepalvelukseen otettuja. Edellä mainittujen palveluksessa noudatetaan soveltuvin osin, mitä säädetään asevelvollisten ja vapaaehtoiseen asepalvelukseen otettujen naisten palveluksesta puolustusvoimissa.