Suomenlinnan hoitokunnan johtokuntaan nimittää opetusministeriö kolmeksi vuodeksi kerrallaan puheenjohtajan ja enintään kymmenen muuta jäsentä sekä näille henkilökohtaiset varajäsenet. Johtokunnassa tulee olla edustettuina opetusministeriö, puolustusministeriö, valtiovarainministeriö, museovirasto, valtion kiinteistölaitos, Helsingin kaupunki ja Suomenlinnan asukaat. Lisäksi johtokunnan jäsenenä on hoitokunnan johtaja ja hänen varajäsenenään hänen sijaisensa.