Hallitukseen kuuluvat rehtori, vararehtorit, tiedekuntien dekaanit ja A.I.Virtanen -instituutin johtaja. Heidän lisäkseen valitaan vaaleilla hallitukseen kolmeksi kalenterivuodeksi kerrallaan kymmenen muuta jäsentä ja yhtä monta varajäsentä. Dekaanin ollessa estynyt on hänen tilallaan hallituksessa varadekaani ja johtajan ollessa estynyt on hänen tilallaan hänen sijaisensa.

Yliopistossa ovat erillisinä laitoksina A.I.Virtanen -instituutti ja kansanterveyden tutkimuslaitos, joista säädetään Kuopion yliopistosta annetun lain 4 §:ssä. Muun erillisen laitoksen perustamisesta päättää yliopiston hallitus. Erillisen laitoksen hallintoa hoitavat johtaja tai johtokunta ja johtaja.