Tilastokeskuksen johtokunnassa on enintään kahdeksan jäsentä. Yhtenä jäsenenä on tilastokeskuksen pääjohtaja, minkä lisäksi tilastokeskuksen henkilöstöllä on oikeus valita keskuudestaan enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan yksi jäsen johtokuntaan. Valtioneuvosto nimittää muut johtokunnan jäsenet enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan sekä määrää johtokunnan puheenjohtajan. Johtokunta valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan.