Valtion taloudellisen tutkimuskeskuksen johtokunnassa on enintään kahdeksan jäsentä. Yhtenä jäsenistä on tutkimuskeskuksen ylijohtaja, minkä lisäksi tutkimuskeskuksen henkilöstöllä on oikeus valita keskuudestaan enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan yksi jäsen. Valtioneuvosto nimittää johtokunnan muut jäsenet enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan sekä määrää johtokunnan puheenjohtajan. Johtokunta valitsee keskuudestaan varapuheenjohtajan.

Valtiovarainministeriö vahvistaa johtokunnan jäsenten palkkiot.