Lisäksi kauppapoliittisessa osastossa on ulkomaankauppaan vaikuttavat kansalliset määräykset-yksikkö, Itä-Euroopan ja itäisen Keski-Euroopan toimintaohjelmien yksikkö sekä Suomen ja Venäjän välisen tiede- ja teknologiayhteistyökomission suomalaisen osapuolen sihteeristö.