Karttakeskuksen hallituksessa on puheenjohtaja ja enintään viisi muuta jäsentä sekä kaksi varajäsentä. Sen lisäksi mitä valtion liikelaitoksista annetun lain (627/87) 14 §:n 1 momentissa on säädetty, tulee yhden jäsenistä edustaa maa- ja metsätalousministeriötä.