Lääninhallitus valitsee merenkulkuoppilaitoksen johtokuntaan vähintään viisi jäsentä ja kullekin heistä henkilökohtaisen varajäsenen enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan sekä nimeää valituista johtokunnan puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan. Johtokunnassa tulee oppilaitoksessa edustettuina olevien alojen työelämän asiantuntemuksen olla riittävästi edustettuna.

Opettajia, muuta henkilökuntaa ja opiskelijoita edustavat jäsenet ja varajäsenet valitaan kokouksissa, jotka rehtori kutsuu koolle. Opiskelijoita edustavat jäsenet ja varajäsenet valitaan kalenterivuodeksi kerrallaan, muut johtokunnan toimikaudeksi.

Johtokunnan tehtävänä on sen lisäksi, mitä muualla laissa ja tässä asetuksessa säädetään:

Oppilaitoksen neuvottelukuntaan valitaan oppilaitosta, opettajakuntaa, alan keskeisimpiä työmarkkinajärjestöjä ja oppilaitoksen kehittämisen muuta asiantuntemusta edustavista henkilöistä enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan enintään kymmenen jäsentä.

Oppilaitoksen opettajakunnan, oppilaskunnan ja oppilaitostoimikunnan tehtävänä on hoitaa niille laissa säädettyyn tehtäväalueeseen kuuluvat asiat, jotka niiden tehtäviksi tässä asetuksessa erikseen säädetään tai johtosäännössä määrätään tai jotka luonteensa puolesta kuuluvat niiden hoidettaviksi.

Jollei oppilaitokseen ole perustettu apulaisrehtorin virkaa, oppilaitokseen voidaan valita opettajakunnan keskuudesta enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan apulaisrehtori, joka rehtorin alaisena hoitaa osan rehtorin tehtävistä. Jos oppilaitoksessa on apulaisrehtori, hän toimii myös rehtorin sijaisena.

Jollei oppilaitoksessa ole apulaisrehtoria, opettajakunnan keskuudesta on valittava enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan vararehtori, joka rehtorin estyneenä ollessa hoitaa hänen tehtävänsä.

Rehtorin, apulaisrehtorin ja vararehtorin määrää johtokunta. Johtokunta voi peruuttaa määräyksen, kun siihen on syytä.

Oppilaitoksen johtosäännöstä tulee käydä selville:

Opiskelijoille todistukseen annettavista arvosanoista päättää opettajakunta tai sen jaosto.

Jos opiskelija on tutkimuksen alaisena rikoksesta, voi johtokunta pidättää hänet koulunkäynnistä, mikäli se opiskelijan tekemäksi epäiltyyn rikokseen tai siihen liittyviin seikkoihin nähden on perusteltua.

Merenkulkuoppilaitoksessa voi olla rehtorin virka sekä apulaisrehtorin, yliopettajan, lehtorin ja laboratorioinsinöörin virkoja. Lisäksi oppilaitoksessa voi olla virkasuhteisia tuntiopettajia sekä tarpeellisia muita virkoja, tilapäisiä virkamiehiä ja työsopimussuhteista henkilökuntaa.

Oppilaitoksen rehtorin nimittää ja hänelle myöntää virkavapautta johtokunta.

Muun kuin 1 momentissa tarkoitetun henkilökunnan nimittämisestä ja ottamisesta sekä virkavapaudesta päättää johtokunta, rehtori tai muu virkamies sen mukaan kuin johtosäännössä määrätään.

Oppilaitoksen tulee osoittaa oppilaskunnan toimintaa varten tarpeelliset tilat.

Oppilaitos voi järjestää ammatillisen koulutuksen kehittämiseksi tarpeellista kokeilua opetushallituksen luvalla. Kokeilussa voidaan opetusministeriön luvalla poiketa ammatillisista oppilaitoksista annetun lain ja sen nojalla annetun asetuksen säännöksistä sekä niiden nojalla annetuista valtioneuvoston ja opetusministeriön päätöksistä.

Johtokunnan päätökseen sekä viranhaltijan ammatillisista oppilaitoksista annetun lain ja tämän asetuksen perusteella tekemään päätökseen ei saa hakea muutosta valittamalla, jos päätös koskee:

Ammatillisista oppilaitoksista annetun lain 40 §:n 3 momentissa tarkoitettuja opiskelijaa koskevia asioita ovat opiskelijaksi ottaminen, koulunkäynnistä pidättäminen, opiskelijan määräaikainen erottaminen ja oppilasasuntolassa asumisen epääminen.

Lääninhallituksen päätökseen, jolla on ratkaistu johtokunnan päätöksestä tehty valitus tai joka koskee 28 §:n 3 momentissa tarkoitettua asiaa, ei saa hakea muutosta valittamalla.