Opetusministeriö ja liikenneministeriö nimeävät kumpikin johtokuntaan yhden jäsenen. Turun kauppakorkeakoulun, Turun yliopiston ja Åbo Akademin hallitukset nimeävät kukin johtokuntaan neljä jäsentä. Kunkin korkeakoulun nimeämistä jäsenistä tulee kaksi nimetä merenkulkuelinkeinon piiristä. Åbo Akademin nimeämistä jäsenistä tulee yhden, mikäli mahdollista, edustaa Ahvenanmaan maakunnan merenkulkua.

Johtokunnan esittelijänä toimii koulutuskeskuksen johtaja tai Turun yliopiston hallintoviraston määräämä koulutuskeskuksen muu virkamies.

Asioiden käsittelemisestä ja ratkaisemisesta on soveltuvin osin voimassa, mitä Turun yliopistosta annetussa asetuksessa (805/84) säädetään.