Lainajyvästö ja siemenrahasto voidaan lakkauttaa maatilahallituksen luvalla. Lakkauttamista koskeva hakemus jätetään lääninhallitukselle, joka toimittaa sen ja oman lausuntonsa asiasta maatilahallitukselle.

Maatilahallituksen on lainajyvästön tai siemenrahaston lakkauttamisesta päättäessään määrättävä, millä tavalla laitoksen varat on käytettävä. Varat on määrättävä käytettäväksi maatalouden edistämiseksi laitoksen toimialueella, eikä niitä saa jakaa perustajille tai heidän oikeudenomistajilleen.