Maatilatalouden kehittämisrahaston varojen käyttämisestä maatilatalouden ja muiden maaseutuelinkeinojen sekä niiden kehittämistä tarkoittavan toiminnan edistämiseen säädetään erikseen. Rahaston varoja voidaan käyttää myös muihin maatilatalouden ja muiden maaseutuelinkeinojen kehittämistarkoituksiin eduskunnan tulo- ja menoarvion yhteydessä päättämissä rajoissa.

Maatilatalouden kehittämisrahaston varojen käytöllä on edistettävä maaseutuelinkeinolain (1295/90) mukaisten tavoitteiden toteuttamista.