Merenkulkuhallintoa hoitaa liikenneministeriön alaisena merenkulkuhallitus, jonka tehtävänä on seurata merenkulun ja siihen liittyvien elinkeinojen kehitystä sekä toimivaltansa rajoissa ryhtyä merenkulkua edistäviin, turvaaviin ja järjestäviin toimenpiteisiin.

Pääjohtaja ratkaisee asianomaisen osastopäällikön tai muun esittelemään määrätyn virkamiehen esittelystä asiat, joita ei käsitellä merenkulkuhallituksen istunnossa. Työjärjestyksessä voidaan kuitenkin pääjohtajalle kuuluva asia antaa osastopäällikön, toimistopäällikön tai muun virkamiehen ratkaistavaksi.

Pääjohtajan ollessa estynyt toimii hänen sijaisenaan ylijohtaja, jollei liikenneministeriö ole määrännyt muuta osastopäällikköä pääjohtajan sijaiseksi.

Paikallista luotsipalvelua sekä väylien ja merenkulun turvalaitteiden hoitoa johtavat ja valvovat luotsipiiripäälliköt kukin luotsipiirissään. Luotsipiirien rajat ja luotsipiirikonttoreiden sijainnin määrää liikenneministeriö.

Merenkulkua valvovat merenkuluntarkastajat kukin merenkulkupiirissään. Merenkulkupiirissä on merenkuluntarkastajan lisäksi apulaismerenkuluntarkastajan, toimistosihteerin ja toimistovirkailijan virkoja. Piirien rajat sekä merenkuluntarkastajien asemapaikat määrää liikenneministeriö.

Pääjohtajalle myöntää virkavapauden liikenneministeriö sekä ylijohtajalle ja merenkulkuneuvokselle merenkulkuhallitus silloin, kun kysymys on virkavapaudesta, jonka saamiseen virkamiehellä on lain tai virkaehtosopimuksen nojalla oikeus, tai kysymys on muusta virkavapaudesta, joka kestää enintään vuoden. Muun virkavapauden pääjohtajalle ja ylijohtajalle sekä merenkulkuneuvokselle myöntää valtioneuvosto.