Laitoksen johtokuntaan kuuluu puheenjohtaja ja 12 muuta jäsentä. Jäsenet samoin kuin heidän henkilökohtaiset varamiehensä määrää valtioneuvosto kolmeksi vuodeksi kerrallaan. Puheenjohtaja ja kaksi muuta jäsentä edustavat sosiaali- ja terveysministeriön hallinnonalaa ja varapuheenjohtaja ja kaksi muuta jäsentä edustavat työministeriön hallinnonalaa. Lisäksi johtokunnassa tulee olla kolme keskeisten työnantajajärjestöjen ja kolme keskeisten työntekijäjärjestöjen edustajaa sekä yksi itsenäisesti omaa työtään tekevien edustavimman järjestön edustaja.

Ennen talousarvion hyväksymistä sosiaali- ja terveysministeriön tulee pyytää talousarviosta työministeriön ja sen jälkeen valtioneuvoston raha-asiainvaliokunnan lausunto. Ennen toiminta- ja taloussuunnitelmien vahvistamista ja muiden työterveyslaitosta koskevien merkittävien asioiden ratkaisemista on kuultava työministeriötä.