Hankintakeskuksessa on johtokunta, hankintakeskuksen päällikkönä toimiva sopimuspalkkainen ylijohtaja ja ylijohtajan varamiehenä toimiva sopimuspalkkainen johtaja.

Hankintakeskuksen jakautumisesta osastoihin ja muihin toimintayksiköihin määrätään työjärjestyksessä.

Hankintakeskuksen henkilökunta on ylijohtajaa ja johtajaa lukuunottamatta yksityisoikeudellisessa työsopimussuhteessa valtioon.

Hankintakeskuksen johtokuntaan kuuluu puheenjohtaja, varapuheenjohtaja ja enintään neljä muuta jäsentä, jotka valtioneuvosto määrää enintään neljäksi vuodeksi kerrallaan. Lisäksi kuuluu johtokuntaan hankintakeskuksen ylijohtaja sekä henkilöstön keskuudestaan valitsema edustaja.

Kauppa- ja teollisuusministeriö vahvistaa johtokunnan jäsenten palkkiot.

Johtokunta kokoontuu puheenjohtajan tai varapuheenjohtajan kutsusta.

Johtokunta on päätösvaltainen, kun puheenjohtaja tai varapuheenjohtaja ja vähintään puolet muista jäsenistä on saapuvilla. Äänten mennessä tasan tulee päätökseksi se mielipide, johon kokouksen puheenjohtaja on yhtynyt.