Valtion viljavarastossa on yleinen, vilja-, siemen-, ulkomaankauppa-, teknillinen ja hankintaosasto sekä viljalaboratorio ja varastoja. Kunkin osaston toimintaa johtaa ja valvoo osastonjohtaja. Viljalaboratorion toimintaa johtaa ja valvoo laboratoriopäällikkö. Jokaisessa varastossa on oltava varastopäällikkö, jollei johtokunta toisin päätä.

Laboratoriopäällikkö antaa vientiviljan laatua samoin kuin viljan jälkitarkastusta koskevat todistukset.