Ilmailuhallituksen työjärjestyksen vahvistaa pääjohtaja.

Tarkemmat määräykset lentoasemien hallinnosta ja tehtävistä, kuten keskuslentoaseman päällikön, lentoaseman päällikön, lennonvarmistuspäällikön ja muiden virkamiesten sekä toimihenkilöiden toimivallasta ja tehtävistä antaa pääjohtaja.