Keskuskirjanpito-osastossa on laskentatoimen toimisto ja suunnittelutoimisto.

Henkilöstöhallinto-osastossa on oikeudellinen toimisto, tapaturmatoimisto, rikosvahinkotoimisto, tietojärjestelmätoimisto ja henkilöstötoimisto sekä työterveysasemia.

Henkilöstöhallinto-osasto käsittelee asiat, jotka koskevat:

Valtiokonttorin päällikkönä on pääjohtaja. Valtiokonttorissa on myös ylijohtaja.

Valtionvelka- ja lainananto-osaston päällikkönä on johtaja. Kunkin muun osaston päällikkönä on osastopäällikkö.

Kotimaan velan toimiston, rekisteritoimiston, laskentatoimen toimiston sekä tietojärjestelmätoimiston päällikkönä on apulaisosastopäällikkö. Henkilöstötoimiston päällikkönä on ylilääkäri, toimistopäällikkönä. Kunkin muun toimiston päällikkönä on toimistopäällikkö.

Pääjohtajan, ylijohtajan, johtajan, osastopäälliköiden, laskentatoimen toimiston päällikkönä toimivan apulaisosastopäällikön ja ylilääkärin, toimistopäällikkönä, virat ovat sopimuspalkkaisia.

Lisäksi valtiokonttorissa on muita apulaisosastopäällikön virkoja, suunnittelupäällikön, ylitarkastajan, erikoistutkijan, asiamiehen, korvauslakimiehen, kamreerin ja esittelijän virkoja sekä apukamreerin, osastosihteerin, toimistosihteerin, pääkirjanpitäjän, kassanhoitajan, kirjanpitäjän, kirjaajan, konekirjoittajan, toimistovirkailijan, vastaanottoavustajan, ylivahtimestarin, vanhemman vahtimestarin ja vahtimestarin toimia.

Ylijohtajan tulee pääjohtajan apuna johtaa ja valvoa valtiokonttorin toimintaa valtion henkilöstöhallintoa ja eläketurvaa koskevissa asioissa.

Valtiokonttorille kuuluvat asiat ratkaisee:

Johtokunta, pääjohtaja, ylijohtaja ja osaston päällikkö ratkaisevat asiat asianomaisen virkamiehen esittelystä.

Valtiokonttorin johtokuntaan kuuluvat valtiokonttorin pääjohtaja puheenjohtajana ja muina jäseninä ylijohtaja ja osastojen päälliköt. Lisäksi johtokuntaan kuuluu kolme valtiovarainministeriön kolmeksi vuodeksi kerrallaan ministeriöstä nimeämää jäsentä.

Pääjohtaja ratkaisee asiat, joita ei käsitellä johtokunnassa tai sen jaostossa taikka oikaisulautakunnassa ja joita ei ole työjärjestyksessä määrätty ylijohtajan, osaston päällikön tai muun virkamiehen ratkaistavaksi.

Pääjohtaja, ylijohtaja tai osaston päällikkö voi yksittäistapauksessa ottaa ratkaistavakseen asian, josta päättäminen muutoin kuuluu hänen alaisensa virkamiehen toimivaltaan.

Pääjohtajan, ylijohtajan tai asianomaisen osaston päällikön poissa ollessa ei saa ilman painavia syitä päättää sellaisiin, näiden virkamiesten toimivaltaan kuuluviin toimenpiteisiin ryhtymisestä, jotka saattavat poiketa aikaisemmin noudatetuista periaatteista, eikä pääjohtajan poissa ollessa ilman hänen suostumustaan täyttää virkoja, toimia tai ylimääräisiä toimia taikka ratkaista laajakantoista asiaa.

Johtokunnan ja sen jaoston istunnossa esittelee asian osaston päällikkö. Pääjohtaja voi määrätä, että asian esittelee muukin valtiokonttorin virkamies, joka on sen valmistellut. Pääjohtajan tai ylijohtajan valmisteleman asian esittelee asianomainen osaston päällikkö.

Eläkkeen tai korvauksen myöntämistä koskevaan toimituskirjaan voidaan allekirjoitukseksi merkitä valtiokonttori sen mukaan kuin johtokunta määrää. Asian ratkaisijan on tällöin allekirjoitettava toimituskirjan taltiokappale.

Sen lisäksi vaaditaan:

Ylimääräisen tutkimuspäällikön, tarkastajan, tutkimussihteerin, tiedotussihteerin ja suunnittelijan toimen haltijalta vaaditaan toimeen soveltuva korkeakoulututkinto.

Ylijohtajan, johtajan ja osastopäällikön nimittää tasavallan presidentti. Virat täytetään haettavaksi julistamatta ja virkaehdotusta tekemättä valtiokonttorin johtokunnan annettua asiassa lausunnon.

Apulaisosastopäällikön, suunnittelupäällikön, toimistopäällikön, ylitarkastajan, erikoistutkijan, asiamiehen, korvauslakimiehen, kamreerin, esittelijän, apukamreerin ja osastosihteerin nimittää johtokunta viran tai toimen oltua 30 päivän ajan haettavana.

Muun henkilöstön nimittää, määrää tai ottaa pääjohtaja, ellei 3 momentista muuta johdu.

Työterveysaseman työterveyslääkärin ottaa pääjohtaja. Työterveysaseman muun henkilöstön nimittää, määrää tai ottaa ylijohtaja.

Pääjohtajalle myöntää virkavapautta valtiovarainministeriö sekä ylijohtajalle, johtajalle ja osastopäällikölle pääjohtaja. Yli kolme kuukautta kestävän virkavapauden myöntää pääjohtajalle kuitenkin valtioneuvosto ja muille edellä mainituille valtiovarainministeriö.

Virkavapauden muille valtiokonttorin viran tai toimen haltijoille sekä ylimääräisille toimenhaltijoille ja tilapäisille toimihenkilöille samoin kuin sitä vastaavan vapauden työsopimussuhteiselle henkilöstölle myöntää pääjohtaja, ellei 3 ja 4 momenteista muuta johdu.

Virkavapauden ja sitä vastaavan vapauden työtehtävistä työterveysaseman henkilöstölle myöntää ylijohtaja.

Virkavapauden 2 ja 3 momenteissa tarkoitetuille viran tai toimen haltijoille samoin kuin sitä vastaavan vapauden työsopimussuhteiselle henkilöstölle sairauden taikka raskauden ja synnytyksen perusteella myöntää hallinto-osaston päällikkö.

Viran tai toimen tai ylimääräisen toimen hoidosta virkavapauden aikana taikka viran tai toimen ollessa avoinna päättää se viranomainen, joka 36§:n 1, 2 tai 3 momentin mukaan myöntää siitä virkavapautta. Sijaisen määräämisestä tai ottamisesta työterveysasemalle enintään 30 päivän ajaksi päättää kuitenkin henkilöstötoimiston päällikkö.

Ylijohtajan, johtajan, osastopäällikön, apulaisosastopäällikön tai toimistopäällikön sijaisen määrää pääjohtaja.

Eläkeosaston ja hallinto-osaston osastopäällikön sijaiseksi määrättävältä vaaditaan oikeustieteen kandidaatin tutkinto.

Pääjohtajaa, ylijohtajaa, johtajaa ja osastopäällikköä syytetään virkavirheestä Helsingin hovioikeudessa ja muita valtiokonttorin virkamiehiä Helsingin raastuvanoikeudessa.

Jos muu valtiokonttorin virkamies kuin pääjohtaja, ylijohtaja, johtaja tai osastopäällikkö on syyllistynyt virheellisyyksiin virassa tai virkavelvollisuuksiensa laiminlyömiseen, joka ei ole sen laatuista, että häntä on siitä syytettävä tuomioistuimessa, taikka osoittanut sopimatonta käytöstä virassa tai sen ulkopuolella, voi valtiokonttori rangaista häntä siitä kurinpitotoimin kirjallisella varoituksella, sakolla tai virantoimituksesta erottamisella enintään kuuden kuukauden ajaksi.

Oikeustieteen kandidaatin tutkinnon suorittaneella ylijohtajalla, johtajalla, osastopäälliköllä, apulaisosastopäälliköllä, toimistopäälliköllä, asiamiehellä ja korvauslakimiehellä on oikeus eri valtuutuksetta tuomioistuimessa, virastoissa ja toimituksissa valvoa 1 momentissa tarkoitetuissa asioissa valtion etua ja oikeutta sekä edustaa niissä valtiokonttoria.