Ylijohtajalle myöntää virkavapautta valtiovarainministeriö silloin, kun on kysymys virkavapaudesta, johon virkamiehellä on oikeus lain tai virkaehtosopimuksen nojalla taikka kun on kysymys harkinnanvaraisesta virkavapaudesta, joka kestää enintään yhden vuoden. Ylijohtajalle myönnettävästä yli vuoden kestävästä harkinnanvaraisesta virkavapaudesta päättää valtioneuvosto. Viran väliaikaisen hoitajan ottamisesta avoinna olevaan virkaan päättää se, joka myöntää virkavapauden.