Milloin vesioikeudessa on useampia kuin yksi vesioikeustuomari, vesioikeus toimii kahtena tai useampana jaostona siten, että kullakin jaostolla on vesioikeustuomari ja kaksi vesioikeusinsinööriä. Sama vesioikeusinsinööri voidaan määrätä jäseneksi kahdelle tai useammalle jaostolle. Vesioikeuden päällikkönä toimii ensimmäisen jaoston vesioikeustuomari. Päällikkö määrää jäsenet jaostoille ja jakaa käsiteltävät asiat jaostoille. Tehtävistä jaostolla määrää, ottaen huomioon vesioikeuden työjärjestyksen määräykset, jaoston puheenjohtaja.

Vesioikeuden päällikön tulee huolehtia siitä, että asiakirjat laaditaan ajoissa ja että vesioikeuden arkistoa hoidetaan arkistolain (184/81) ja sen nojalla annettujen säännösten ja määräysten mukaisesti.

Muiden viran ja toimen haltijain tehtävät määrää vesioikeuden päällikkö.

Vesioikeuden päällikkö hyväksyy vesioikeuden vuosilomajärjestyksen. Hyväksytty vuosilomajärjestys on ilmoitettava vesiylioikeudelle ja tarvittaessa on samalla tehtävä esitys sijaisten määräämiseksi vesioikeuden puheenjohtajalle ja jäsenille.

Vesioikeuden päällikkö myöntää virkavapautta muille kuin vesilain 15 luvun 6 §:ssä mainituille viran ja toimen haltijoille ja määrää näiden sijaisuuksista.