Puolustusvoimien terveydenhuollon yleinen suunnittelu, ohjaus ja valvonta kuuluvat Pääesikunnalle.

Terveydenhuollon järjestämisestä Puolustusvoimissa vastaa Puolustusvoimien logistiikkalaitos.

Lupa- ja valvontavirasto valvoo Puolustusvoimien tämän tai muun lain nojalla järjestämän tai tuottaman terveydenhuollon lainmukaisuutta ja antaa siihen liittyvää ohjausta. Puolustusvoimien järjestämää tai tuottamaa terveydenhuoltoa Suomen alueen ulkopuolella valvoo kuitenkin Pääesikunta. Pääesikunta valvoo lisäksi Puolustusvoimien itse toteuttamaa terveydenhuoltoa puolustustilalaissa (1083/1991) tarkoitetun puolustustilan aikana ja sovellettaessa valmiuslain (1552/2011) II osan säännöksiä lain 3 §:n 1 ja 2 kohdassa tarkoitetuissa poikkeusoloissa.