Laitoksen johtokuntaan kuuluu puheenjohtaja, varapuheenjohtaja ja kahdeksan muuta jäsentä, jotka samoin kuin heidän henkilökohtaiset varajäsenensä valtioneuvosto määrää kolmeksi kalenterivuodeksi kerrallaan. Puheenjohtaja ja varapuheenjohtaja edustavat sosiaali- ja terveysministeriön hallinnonalaa ja yksi jäsen työ- ja elinkeinoministeriön hallinnonalaa. Lisäksi johtokunnassa tulee olla kolme keskeisten työnantajajärjestöjen ja kolme keskeisten työntekijäjärjestöjen edustajaa sekä yksi edustavimman itsenäisesti omaa työtään tekevien järjestön edustaja.