Tilastokeskusta johtaa pääjohtaja. Tilastokeskuksen organisaatiosta ja toimintayksiköistä määrätään työjärjestyksessä, jonka pääjohtaja vahvistaa. Hän ratkaisee myös muut tilastokeskuksen ratkaistavat asiat, joita ei ole säädetty tai työjärjestyksessä määrätty tilastokeskuksen muun virkamiehen ratkaistaviksi. Valtioneuvoston asetuksella säädetään asioista, joita ei voida työjärjestyksessä määrätä muun virkamiehen ratkaistaviksi.

Valtioneuvoston asetuksella säädetään tilastokeskuksen virkojen täyttämisestä, pääjohtajan ja muiden esimiesasemassa olevien virkamiesten esimiesasemaan liittyvistä tehtävistä sekä pääjohtajan sijaisen määräämisestä.

Tilastokeskuksen työjärjestyksessä määrätään muista sijaisuuksista, sisäisestä johtamisesta sekä muista sisäiseen hallintoon kuuluvista asioista.