Pääjohtaja johtaa sosiaali- ja terveysalan tutkimus- ja kehittämiskeskusta ja vastaa siitä, että tutkimus- ja kehittämiskeskuksen tehtävät hoidetaan tehokkaasti, taloudellisesti ja tuloksellisesti.

Sosiaali- ja terveysalan tutkimus- ja kehittämiskeskukselle kuuluvat asiat ratkaisee pääjohtaja tai muu virkamies, jolle sellainen toimivalta on työjärjestyksessä tai talous- säännössä annettu.

Pääjohtaja ratkaisee asiat esittelystä. Työjärjestyksessä määrätään, mitkä muut asiat ratkaistaan esittelystä.

Pääjohtajan ollessa estynyt hänen sijaisenaan toimii hänen määräämänsä ylijohtaja tai johtaja.