Ministeriön organisaatioon kuuluvista muista yksiköistä sekä osastojen jakautumisesta linjoihin ja yksikköihin määrätään ministeriön työjärjestyksessä.

Osastoilla voi olla yhteisiä linjoja ja yksikköjä siten kuin ministeriön työjärjestyksessä määrätään.

Osastojen yhteinen linja ja yksikkö toimii kussakin asiassa sen osastopäällikön alaisuudessa, jonka johtaman osaston tehtäviin käsiteltävä asia pääasiallisesti kuuluu.

Tasavallan presidentti voi valtuuttaa suurlähetystön tai lähetystön päällikön toimimaan diplomaattisena edustajana asemamaan lisäksi myös toisessa valtiossa (sivuakkreditointi). Lisäksi kiertävän suurlähettilään tehtävässä toimiva virkamies voidaan valtuuttaa toimimaan diplomaattisena edustajana valtiossa, jossa Suomella ei ole diplomaattista edustustoa.

Tasavallan presidentti määrää tehtävään alivaltiosihteerin, osastopäällikön, ulkoasiainhallinnon tarkastajan, kiertävän suurlähettilään ja edustuston päällikön.

Osastopäällikön, ulkoasiainhallinnon tarkastajan, pohjoismaisen yhteistyön sihteeristön päällikön, EU-sihteeristön päällikön, linjanjohtajan, neuvottelevan virkamiehen ja kiertävän suurlähettilään tehtävään sekä suurlähetystön, pysyvän edustuston, erityisedustuston ja lähetetyn pääkonsulin viraston päälliköksi määrätään ulkoasiainneuvos.

Kehitysyhteistyöosaston osastopäälliköksi, linjanjohtajaksi ja neuvottelevaksi virkamieheksi, osastojen yhteisen linjan linjanjohtajaksi sekä päälliköksi edustustoon, jonka toiminnan painopiste on kehitysyhteistyöasioissa, voidaan määrätä myös virka-asemaltaan ulkoasiainneuvokseen rinnastettavissa oleva kehitysyhteistyövirkamies.

Ministeriön työjärjestyksessä määrätään toimintayksikköjen tehtävistä, ministeriön johtamisesta, virkamiesten tehtävistä ja sijaisista, asioiden valmistelusta ja asioiden antamisesta virkamiesten ratkaistavaksi sekä muusta sisäisestä hallinnosta.

Työjärjestyksen vahvistaa ulkoasiainministeri. Kun ministeriöön on määrätty useampia kuin yksi ministeri, työjärjestyksen vahvistaa kukin ministeri oman toimialansa osalta.