Asianomainen ministeriö asettaa vuosittain rahaston hallintoa ja tilejä tarkastamaan kaksi tilintarkastajaa, joista toisen tulee olla julkishallinnon ja -talouden tilintarkastajan tutkinnon suorittanut henkilö tai Keskuskauppakamarin hyväksymä tilintarkastaja ja toisen valtiontalouden tarkastusviraston nimeämä henkilö.

Valtioneuvosto voi vastikkeetta luovuttaa maatilatalouden kehittämisrahaston varoilla hankittua maaomaisuutta vesialueet mukaan lukien Metsähallitukselle osaksi luonnonsuojeluohjelmien toteuttamista tai muille valtion viranomaisille tutkimustarkoituksiin. Valtioneuvosto määrää ehdot, joilla luovutus tapahtuu. Luovutuksensaaja ei ole velvollinen suorittamaan varainsiirto- tai lahjaveroa tässä momentissa tarkoitetusta luovutuksesta.