Mittatekniikan keskuksen johtokuntaan kuuluvat mittatekniikan keskuksen johtaja sekä enintään kuusi muuta keskuksen toimialaa tuntevaa henkilöä, jotka valtioneuvosto nimittää neljäksi vuodeksi kerrallaan. Johtokunnan jäsenistä yhden tulee olla keskuksen henkilöstön nimeämä. Valtioneuvosto määrää johtokunnan puheenjohtajan ja varapuheenjohtajan. Kauppa- ja teollisuusministeriö vahvistaa johtokunnan jäsenten palkkiot.

Mittatekniikan keskuksen päällikkönä on johtaja, jolla on professorin arvonimi. Lisäksi keskuksessa on muuta virkasuhteista ja työsopimussuhteista henkilöstöä.

Johtaja valvoo ja kehittää mittatekniikan keskuksen toimintaa. Hän vastaa keskuksen toiminnan tuloksellisuudesta ja tavoitteiden saavuttamisesta sekä raportoi niistä vuosittain kauppa- ja teollisuusministeriölle.

Mittatekniikan keskuksen johtotehtävissä olevat vastaavat heidän johdettavakseen kuuluvan toiminnan kehittämisestä ja tuloksellisuudesta.

Johtajalta vaaditaan lisäksi virkaan soveltuva ylempi korkeakoulututkinto, hyvä perehtyneisyys virkaan kuuluviin tehtäviin sekä johtamistaito.