Työterveyslaitoksen ylintä johtoa varten valtioneuvosto nimeää kolmeksi kalenterivuodeksi kerrallaan johtokunnan, jossa, sen mukaan kuin asetuksella tarkemmin säädetään, ovat edustettuina työsuojelun ja työterveyden kehittämisen kannalta keskeiset viranomaiset ja järjestöt. Työterveyslaitoksen hallinnosta säädetään tarkemmin asetuksella.

Työterveyslaitos voi tehdä sitoumuksia, saada nimiinsä oikeuksia, kantaa ja vastata sekä omistaa kiinteää omaisuutta. Työterveyslaitos voi harjoittaa sellaista elinkeinotoimintaa, joka tukee työterveyslaitoksen tarkoituksen toteuttamista.

Työterveyslaitoksen suoritteista perittäviä maksuja vahvistettaessa on soveltuvin osin otettava huomioon, mitä valtion maksuperustelaissa (150/92) säädetään.

Johtokunnan jäsenet sekä laitoksen toimihenkilöt toimivat tehtävässään virkamiehen vastuulla. Johtokunnan jäsentä syytetään virkavirheestä Helsingin hovioikeudessa.

Työterveyslaitoksen johtokunnan jäsen sekä toimihenkilö on velvollinen pitämään salassa, mitä hän tässä laissa säädettyjä tehtäviä täyttäessään on saanut tietää työnantajan liike- ja ammattisalaisuuksista taikka yksityisen työntekijän terveydentilasta tai henkilökohtaisista olosuhteista taikka muusta seikasta, joka erityisen säännöksen tai asian laadun mukaan on pidettävä salassa.